历史上有关黄陵庙的传说很多，“黄陵”之称也令人费解。黄陵庙原名黄牛庙，据《宜昌府志》载：此庙为纪念大禹治水的丰功伟绩而建于春秋战国时期。清同治甲子年（1864年）的《续修东湖县志》载：“峡之险匪一，而黄牛为最，武侯谓乱石排空，惊涛拍岸，剑巨石于江中”，又曰“神像影现，犹有董工开导之势，因而兴复大禹神庙，数千载如新。”黄陵庙的始建年代目前已无从考证，但我们从后来的一些史料上可以切摸到它的发展脉络。
目前黄陵庙中尚存一块诸葛亮为重建黄牛庙而撰刻的《黄牛庙记》，乃碑文云：“……古传所载，黄牛助禹开江治水，九载而功成，信不诬也，惜乎庙貌废去，使人太息，神有功助禹开江，不事凿斧，顺济舟航，当庙食兹土，仆复而兴之，再建其庙号，目之曰黄牛庙。”
1985年，对黄陵庙内的禹王殿进行大修期间，出土了唐代莲花瓣石柱础残片数块，花瓣硕大，似金柱础，同时出土有两件完整莲花瓣石柱础，作工规整，似可证明唐代曾重建过黄陵庙。北宋欧阳修于1036年10月至1038年3月在夷陵（宜昌）任县令时，留有《黄牛峡词》：“石马系祠前，山鸦嗓丛木，……朝朝暮暮见黄牛，徒使行人过此愁！”
宋孝宗乾道六年（1170年）十月初九，陆游在《入蜀记》中云；“……九日微雪，过扇子峡……晚次黄牛庙，山复高峻，村人来买茶菜者甚众。……传云，神佑夏禹治水有功，故食于此。门左右各一石马，颇卑小，以小屋覆之，其右马无左耳，盖欧阳公所见，……欧诗刻庙中。”
1986年，在翻修禹王殿前十二级石阶时，于左边象眼石中拆除石马头一个。马头仅存顶部、眼睛、鼻子、嘴巴、脖子及马铃，其他部位均被打凿成长条规整面，作为象眼石砌在石阶的侧面，石马面部朝内。应是欧阳修当年所见石马无疑。
《东湖县志》卷二十六载：明洪武初，正式封黄牛庙所祀之牛归神，永乐壬寅（1422年）年冬，佥事张思安按部夷陵（今宜昌），闻黄陵江石滩群虎为害，当地设井捕获十有三焉，遂率夷陵守汪善并拜之，感谢黄陵神之灵应默佑做于斯民，并撰《黄陵神灵应碑记》。由此可见，黄陵庙之称应始于明洪武年间。
同治末年（1874年），清典史黄肇敏因专事制作峡江纪游图，于黄陵庙撰刻《游黄陵庙记》，记中云：“考诸古迹，今庙之基，即汉建黄牛庙之遗址也。庙遭兵焚，古褐无存，迨明季重建，廓而大之，兼奉神禹，盖嫌牛字不敬，故改为黄陵……”，又曰：“殿供大禹，楹楚镌万历四十六（1618年）旧州人建，旁有断碑仆地，拂尘读之，乃黄陵神赞颂，正德庚辰（1520年）南太仆少卿的西蜀刘瑞撰，后殿供如道教老子像，云即黄陵神也，座侧立一牛，木质。尝闻国朝宋琬题楹贴云：奇迹著三巴，圭壁无劳沈白马，神功符大禹，烟恋犹见策黄牛，今亡矣。
后又一殿，供释迦牟尼像。”据此而知，明正德年间，黄陵庙尚存，不知毁于何时，故明万历四十六年重建，且屹立至今。据上述所载，以及维修过程中发现的遗物、遗迹证明，黄陵庙的确历史悠久，可能始建于汉代。
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